Конструкция изотермического фургона ГАЗ-3302 представляет собой кузов, который может быть изготовлен по панельно-каркасному методу или по технологии «сэндвич панелей».
При изготовлении по панельно-каркасному методу конструкция каркаса кузова и основания представляют собой металлическую конструкцию, к которой крепится внешняя обшивка. Внешняя обшивка кузова автофургона выполнена из плакированного металла, толщиной 0,7 мм. Внутренняя обшивка ГАЗ-3302 выполнена из оцинкованной стали, имеющей гигиеническое заключение для перевозки продуктов питания. Оцинкованные листы внутренней обшивки скатаны «в замок», что уменьшает количество отверстий. Также при способе соединения оцинкованных листов «в замок» полностью исключено задирание листов в процессе эксплуатации автофургона ГАЗ-3302.
Необходимым условием для изотермических фургонов является наличие утеплителя на потолке, стенах и на полу фургона. Термоизоляционным материалом служит пенополистирол (пенопласт) толщиной от 40 мм и выше. Выпускаются модификации изотермических фургонов с толщиной термоизоляции 40, 50, 75 и . Также для дополнительной герметизации ГАЗ-3302 при закладке пенопласта и для исключения «мостиков холода» в щелях и по углам дополнительно используется пенополиуретановая заливка.
Фургон из «сэндвич панелей» представляет собой конструкцию, при которой стенки и потолок фургона выполнены из специальных плит панелей.
Плиты изотермического фургона ГАЗ-3302 изготовлены методом склейки под вакуумным прессом трех слоев оцинкованной стали (внутренняя обшивка), пенополиуретана (утеплитель) и плакированного металла (внешняя обшивка). Фургоны, собранные из «сэндвич панелей», характеризуются отсутствием «мостиков холода» и идеально подходят для установки холодильного оборудования.
Кузов автофургона ГАЗ-3302 имеет двухстворчатую дверь с углом открывания створок 270 градусов. Силовые элементы дверного проема (запорная пара: кулачок + защелка) обеспечивают легкое открывание дверей, снижают вероятность взлома, придают дополнительную жесткость дверному проему.